아야나미 레이는 에반게리온 00호라는 거대한 메카의 조종사로 선택된 내성적인 소녀입니다. 시리즈 초반에 아야나미 레이는 그녀의 비정상적인 행동으로 동료들을 놀라게 하는 수수께끼 같은 인물입니다. 시리즈가 진행되면서 그녀는 주변 사람들, 특히 그녀의 반 친구이자 에바 조종사인 신지 이카리와 더 많이 교류하게 됩니다.