अयानामी री एक अंतर्मुखी लड़की है जिसे इवेंजेलियन यूनिट 00 नामक एक विशाल मेचा के पायलट के रूप में चुना गया है। श्रृंखला की शुरुआत में, अयानामी री एक रहस्यमयी व्यक्ति है जिसका असामान्य व्यवहार उसके साथियों को चकित कर देता है। जैसे-जैसे श्रृंखला आगे बढ़ती है, वह अपने आस-पास के लोगों, विशेष रूप से अपने सहपाठी और साथी ईवा पायलट, शिंजी इकारी के साथ अधिक जुड़ती जाती है।